没有转化体系的物种,如何研究其基因功能?(二)

4.2无转化体系

>>>>4.2.1基因的时空表达模式

对于无转化体系的植物来说,虽然无法进行过表达、基因编辑等,但是仍然可以在不同的胁迫条件下,提取不同时期、不同组织的RNA做qRT-PCR,也可以制作其特异性抗体来做Western blot、免疫组织化学染色等实验。

>>>>4.2.2建立瞬时转化体系

无稳定转化体系的植物,可以考虑使用瞬时转化体系来做实验。那什么叫做瞬时转化呢?对于稳定转化的植物,外源目的基因会整合到植物的基因组中,并且可以遗传给后代。而瞬时转化过程中,外源目的基因还未整合到植物基因组上,T-DNA片段游离在细胞中进行瞬时表达。有些研究比较多的物种会有一些约定俗成的瞬时转化体系,比如转烟草叶片,还有一些研究比较小众的物种可能需要自已摸索重新建立新的瞬时转化体系,这种情况下,需要通过实验来证明瞬时转化体系的可靠。

通过瞬时转化体系得到的实验结果,可以作为基因功能研究的一个辅助,还需要其他的数据支撑。下面伯小远就以不同的植物组织形态、部位、侵染方式来分享一下瞬时转化技术吧。

4.2.2.1 愈伤

愈伤组织被广泛用作一种瞬时转化系统来鉴定目的基因的功能,尤其是与黄酮类代谢有关的基因。5-氨基乙酰丙酸(ALA)是植物体内所有卟啉化合物如叶绿素、亚铁红素等生物合成的关键前体,其在低浓度时可以明显提高植物叶片的光合速率、增加干物质积累、促进同化产物的运输、促进果实着色、提高植物耐盐性、耐低温和耐弱光性等,因而具有广泛的应用前景。Liangju Wang和Yuyan An团队为了研究ALA对苹果果实着色的分子机制,选择以苹果愈伤为受体材料,当愈伤过表达MdMYB10MdMYB9基因时,检测出ALA对其花青素积累的促进作用是显著增强的(图1)。《没有转化体系的物种,如何研究其基因功能?(二)》图1 ALA对过表达MdMYB10MdMYB9的转基因苹果愈伤组织的着色水平、花青素含量、相应基因表达的影响 (Zheng et al. 2021)。bHLH转录因子是植物中最大的转录因子家族之一。Yuanwen Teng团队通过农杆菌侵染得到过表达PpbHLH64基因和干扰PpbHLH64基因的梨愈伤组织,经过连续光照处理,过表达PpbHLH64基因的梨愈伤组织相比干扰该基因的梨愈伤组织积累了更多的花青素(图2),这一结果证明了PpbHLH64与光诱导的花青素积累有关。

《没有转化体系的物种,如何研究其基因功能?(二)》图2 PpbHLH64在梨愈伤组织中的功能分析 (Tao et al. 2020)。(A)梨愈伤组织中花青素的积累,OE为过表达实验组,RNAi为干扰实验组;(B)A中梨愈伤组织中PpbHLH64基因的相对表达量;(C)A中梨愈伤组织的花青素含量。

4.2.2.2 悬浮细胞

植物悬浮细胞作为一种方便的工具被广泛应用于瞬时转化体系中,这种体外细胞群具有同质性、高生长速率、重复性好等优点,适合在细胞和分子水平上分析复杂的生理过程,甚至作为“植物细胞工厂”生产蛋白或其他代谢物质,例如第一个被批准的来自植物的重组药物蛋白taliglucerase alfa(Elelyso®)就是在悬浮细胞中生产的 (Santos et al. 2016)。《没有转化体系的物种,如何研究其基因功能?(二)》图3 拟南芥、大豆、百脉根的悬浮细胞培养 (Moscatiello et al. 2013)。(a-c)在培养皿的固体培养基上培养愈伤;(d-f)在液体培养基中培养悬浮细胞;(g-i)光学显微镜下观察悬浮培养细胞。《没有转化体系的物种,如何研究其基因功能?(二)》图4 烟草BY-2 Hulk细胞可表达高水平的GFP-HFBI蛋白 (Häkkinen et al. 2018)。(A)烟草BY-2 Hulk细胞中积累了GFP-HFBI蛋白;(B)对培养的蛋白进行含量测定;(C)SDS-PAGE检测蛋白;(D、E)鲜重、干重的测定;(F)共聚焦显微镜显示GFP-HFBI在蛋白质体中的积累。

4.2.2.3 原生质体
利用原生质体转化目的基因是最为常见的瞬时转化体系之一,尤其是应用于蛋白定位及蛋白互作鉴定等方面。如果某物种无转化体系,可以尝试建立该物种的原生质体瞬时转化体系,将其愈伤、悬浮细胞、叶片或茎等经过酶解制作原生质体。小苍兰(Freesia hybrida)是最著名的切花品种之一,它以其鲜艳的花色和甜美的香味而著称,研究它对揭示鸢尾科植物特殊代谢物、花色遗传、花香形成等性状至关重要,由于其组培体系的限制,Li Wang和Xiang Gao团队使用花芽诱导的愈伤组织开发了一种高效的原生质体分离方法,可应用于Co-IP、亚细胞定位、蛋白-蛋白互作、蛋白-核酸互作等鉴定实验中 (Shan et al. 2019)。

《没有转化体系的物种,如何研究其基因功能?(二)》图5 PEG3350的浓度对小苍兰原生质体转化效率的影响 (Shan et al. 2019)。

《没有转化体系的物种,如何研究其基因功能?(二)》图6 在小苍兰原生质体中进行的亚细胞定位实验 (Shan et al. 2019)。

 

《没有转化体系的物种,如何研究其基因功能?(二)》图7 在小苍兰原生质体中进行的BiFC实验 (Shan et al. 2019)。此实验目的是为了验证FhGL3L蛋白可以二聚化。

这里小苍兰的原生质体是从愈伤中游离出来的,在平时的实验中通过叶片或茎游离原生质体的例子比较常见,这里就不给大家举例了,相比之下,从悬浮细胞中游离原生质体的例子就比较少见,下面以杨树为例带大家看看!
《没有转化体系的物种,如何研究其基因功能?(二)》图8 从胡杨的悬浮细胞中分离原生质体 (Guo et al. 2015)。
4.2.2.4 毛状根
毛状根转化被广泛用于生产代谢物、研究根系发育、研究根系-生物/非生物相互作用等,该方法由发根农杆菌介导,发根农杆菌是一种革兰氏阴性细菌,在伤害和感染植物时会诱导毛状根的产生。那么毛状根是否适合作为对野生型植株或者转基因植株根的替代研究对象呢?答案是肯定的(图9、10)。大豆毛状根转化体系可参考文章“大豆转化效率达到69%的方法”,除了使用子叶作为受体材料,毛状根也可由叶片、茎段诱导出来(图11、12)。《没有转化体系的物种,如何研究其基因功能?(二)》图9 番茄的不定根与毛状根在解剖学上结构相似 (Ron et al. 2014)。该团队通过切下番茄的子叶与发根农杆菌共培养来进行毛状根诱导,结果发现不定根与毛状根唯一的区别是毛状根通常还有一个额外的皮质层,而在整体细胞结构及其他方面几乎无区别。《没有转化体系的物种,如何研究其基因功能?(二)》图10 由SHORT-ROOT和SCARECROW启动子驱动的表达模式在番茄的初生根与毛状根中是相同的 (Ron et al. 2014)。(A、C)诱导出的毛状根;(B、D)由根癌农杆菌介导的转基因番茄的初生根。《没有转化体系的物种,如何研究其基因功能?(二)》图11 无菌条件下大豆毛状根的转化及培养 (Jiang et al. 2019)。(a)在干燥器中使用氯气对大豆种子进行消毒;(b)在培养基中长到约6cm高;在感染发根农杆菌K599后的第4天(c)、第10天(d)、第12天(e)、第15天(f)、第19天(g);(h)毛状根被切掉并转移至White培养基中。

《没有转化体系的物种,如何研究其基因功能?(二)》图12 由发根农杆菌介导的荔枝转化 (Qin et al. 2021)。由叶盘诱导出的愈伤(A)及其荧光图像(B),由茎段导出的愈伤(C)及其荧光图像(D),由叶片诱导出的毛状根(E)及其荧光图像(F),由茎段诱导出的毛状根(G)及其荧光图像(H),检测转基因毛状根中的基因(I),显示位于Ri质粒上但不在T-DNA上的VirD基因不存在于毛状根中,其他T-DNA上的eGFP、hptII基因均存在,负责毛根分化的rolB基因也存在。

4.2.2.5 下胚轴
植物子叶的下胚轴也可以作为农杆菌侵染的受体材料而进行瞬时转化(图13、14)。《没有转化体系的物种,如何研究其基因功能?(二)》

图13 对油松、青海云杉、丽江云杉的下胚轴进行农杆菌介导的瞬时转化后的检测 (Liu et al. 2020)。

《没有转化体系的物种,如何研究其基因功能?(二)》

图14 对两种大麻品种的下胚轴进行瞬时转化并检测 (Zaldívar-Cruz et al. 2003)。

4.2.2.6 叶片
对叶片进行瞬时转化估计是大家最熟悉的瞬时转化体系之一了,尤其是以烟草叶片为受体材料的农杆菌介导的叶片注射法,伯小远在这里就不多讲啦,我们来看看还有哪些物种的叶片可以进行瞬时转化呢?《没有转化体系的物种,如何研究其基因功能?(二)》图15 草莓F. x ananassa叶片瞬时表达GFP (Hael-Conrad et al. 2019)。(A)叶片与农杆菌共培养后,在不同时间取样观察转入的GFP的表达情况;(B)对GFP荧光强度的量化比较。《没有转化体系的物种,如何研究其基因功能?(二)》

图16 使用农杆菌悬浮液对水稻叶片进行瞬时转化 (Andrieu et al. 2012)。该团队制作了一个携带有许多直径为600µm针头的小型装置(A),可使水稻叶片迅速产生大量伤口,再将叶片与农杆菌低温孵育(B),此外,培养基中需添加Silwet-77的表面活性剂,在侵染后不同的时间检测GUS染色情况(C)。注:像水稻这种单子叶植物的叶片有表皮角质层蜡和高二氧化硅的存在,普通的压力渗透是很难使农杆菌菌液进入叶片的,而该文中的低温以及添加表面活性剂等处理能够克服这些障碍。

4.2.2.7 果实
尽管针对叶片开发的农杆菌介导的瞬时转化方法非常方便、有效,但却对肉质果实无效,因为肉质果实的致密结构无法使农杆菌通过表皮进入更深的中果皮细胞,而这可以通过注射农杆菌的方式来克服(图17)。成熟的肉质水果,例如番茄、桃子、草莓、橙子等都可以尝试采用这种方法。该方法适合分析与果实发育有关的基因功能(图18),如果注射结果在表型上不可见时,也可结合切片染色、转录组、蛋白组、代谢组检测等结果来综合分析以阐释目的基因的功能。当然,也可以根据果实的情况调整为真空注射(图21)而不仅仅是针头注射。《没有转化体系的物种,如何研究其基因功能?(二)》图17 在草莓中瞬时表达pBI-GFP和pBI-GUS (Miyawaki et al. 2012)。(A)将农杆菌侵染液注射到整个果实中;(B)注射后的果实置于盒中,放置于生长室;(C、D)侵染5天后检测果实正面、横截面的GFP荧光;(E)GUS染色的阴性对照;(F)侵染7天后检测果实的GUS染色情况。《没有转化体系的物种,如何研究其基因功能?(二)》

图18 干扰草莓果实的CHS基因及对照 (Hoffmann et al. 2006)。为了干扰草莓果实中的CHS基因(查耳酮合酶基因,与色素合成有关),构建了发夹干扰载体,通过瞬时转化体系注射入授粉14天后仍生长在植株上的果实,约10-14天后,果实上形成了白色区域(a、d),分别注射3次将收获几乎全白的果实(b、e),而注射空载则与正常果实一样(c、f)。

《没有转化体系的物种,如何研究其基因功能?(二)》

图19 在猕猴桃A. arguta RB-4瞬时过表达AaPG18基因 (Li et al. 2022)。(A)注射pBI121-AaPG18的果实一侧变红;(B)注射空载体的果实一侧没有变化;(C)qRT-PCR检测的结果显示注射后(A)果实中的AaPG18基因表达量升高。

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图20 在番茄中瞬时过表达VvSK基因以抑制果实成熟 (Zeng et al. 2020)。葡萄的VvSK基因在浆果转色后期强烈表达。(a)将35S:VvSK7-GFP注射到开花后12天的番茄果实中,4天后进行观察;(b)qRT-PCR检测VvSK基因的转录水平;(c)番茄果实硬度的测量。

《没有转化体系的物种,如何研究其基因功能?(二)》

图21 在不同的真空压力下,对瞬时转化的GUS基因表达情况进行检测 (Lv et al. 2019)。(a-d)为四种不同的苹果品种。

4.2.2.8 整株植株
构建双元载体转入农杆菌,准备好OD600=0.2的农杆菌侵染液,选择3周龄的植株作为瞬时转化受体材料,将整株材料没入含150μM乙酰丁香酮的转化培养液中,25℃、60rpm共培养48h。当OD600=1时移除转化培养液,加入1/2 MS(pH=5.8,含3%蔗糖、150μM乙酰丁香酮)培养液,25℃、60rpm孵育48h (Zheng et al. 2012)。可根据情况对乙酰丁香酮的浓度、共培养时间、菌体的OD值进行调整,摸索出最合适的瞬时转化体系。
该瞬时转化体系适用于草本植物(如烟草和拟南芥)和树木(如桦树、杨树、柽柳、黄檗、柳树、曼陀罗)等。
注:乙酰丁香酮是一种酚类化合物,可诱导农杆菌内Ti质粒上Vir基因的活化和高效表达,提高遗传转化效率,因而被广泛用于转化体系中。
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图22 七种植物瞬时表达的组织化学分析 (Zheng et al. 2012)。(a)白桦;(b)辽东楤木;(c)黄檗;(d)旱柳;(e)小叶杨;(f)刚毛柽柳;(g)烟草;(h)拟南芥。在胁迫性实验中,这种瞬时转化方法比较实用,可节约大量的时间和成本。Yucheng Wang团队发现ThZFP1参与了毛柽柳的非生物胁迫耐受,并筛选到ThDof1.4为其转录调节因子 (Zang et al. 2017)。该团队使用上述的瞬时转化体系 (Zheng et al. 2012),在盐胁迫和干旱胁迫下对毛柽柳的生理生化数据进行检测(图23)。Yucheng Wang团队利用“偏相关系数与生物学过程相结合的算法”建立了白桦响应干旱胁迫的基因表达调控网络 (Jia et al. 2022)。为了研究网络的可靠性,过表达BpNAC090BpMADS11基因进行稳定转化,再进行CHIP-seq和qRT-PCR检测,其结果与利用瞬时转化进行CHIP-seq和qRT-PCR的结果完全一致,说明瞬时转化的可靠性较高,可以作为验证网络准确性的手段(图24)。《没有转化体系的物种,如何研究其基因功能?(二)》

图23 ThDof1.4介导的生理生化分析 (Zang et al. 2017)。图中OX指瞬时过表达ThDof1.4,Con指瞬时转入空载作为对照组,KD指瞬时干扰ThDof1.4。(A)NBT、DAB、Evans blue染色;(B-G)检测不同瞬时转化材料胁迫处理后MDA含量、POD活性、SOD活性、电解质渗漏、脯氨酸含量、叶绿素含量。

《没有转化体系的物种,如何研究其基因功能?(二)》

图24 检测过表达BpNAC090BpMADS11基因的植株中,受这两个基因影响的相关基因的表达情况 (Jia et al. 2022)。图中OE指稳定转化BpNAC090BpMADS11基因,TE指瞬时转化BpNAC090BpMADS11基因。

4.2.2.9 粒子轰击
看到这里,大家也能发现,以上这些方法都是通过农杆菌介导的瞬时转化体系,或一起孵育、或使用压力(抽真空、使用注射器)促使农杆菌侵染受体材料,而除了这些方法之外,还可以通过粒子轰击的方式让目的基因在受体材料中瞬时表达。什么叫粒子轰击?粒子轰击,也称为基因枪法,通过加速轰击包裹着质粒DNA的金粉微粒而将DNA直接转入植物细胞。《没有转化体系的物种,如何研究其基因功能?(二)》

图25 在油棕中瞬时表达GFP (Kadir et al. 2007)。携带GFP的微粒轰击油棕的愈伤组织(a)和未成熟合子(b)。

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图26 荧光蛋白在玉米中的瞬时和稳定表达模式 (Daniel et al. 2012)。共聚焦激光扫描显微镜图像显示近轴表皮细胞中ZmXYLT-mRFP(A)的瞬时表达、ZmROP7-mTFP的瞬时表达(B)和ZmPDI-YFP的稳定(C)和瞬时(D-F)表达。

《没有转化体系的物种,如何研究其基因功能?(二)》

图27 微粒轰击大麦叶片进行瞬时转化 (Dong et al. 2012)。

小远叨叨
本来想简略写一下瞬时转化的,结果查找不少文献后发现其内容非常丰富,伯小远就多写了一点,瞬时转化的方法大多数仍建立在农杆菌介导的基础上,肯定还有许多其它瞬时转化的方法伯小远还没写到,希望大家看到的话也能分享给小远喔!大家在实验室可能只研究某一两个特定的物种,对其他物种的研究方法其实并不是很熟悉,我们多看看说不定就给自已的课题带来灵感了呢,下一个发明出新方法的也许就是你!伯小远也学到了好多,感觉植物浑身都是宝、哪哪都能转呢。一起期待下期吧!参考文献:Andrieu, A., Breitler, J.C., Siré, C. et al. An in planta, Agrobacterium-mediated transient gene expression method for inducing gene silencing in rice (Oryza sativa L.) leaves. Rice 5, 23 (2012). https://doi.org/10.1186/1939-8433-5-23Daniel R. Kirienko, Anding Luo, Anne W. Sylvester, Reliable Transient Transformation of Intact Maize Leaf Cells for Functional Genomics and Experimental Study,Plant Physiology, Volume 159, Issue 4, August 2012, Pages 1309–1318, https://doi.org/10.1104/pp.112.199737

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