植物中的性别相关基因(一)

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《植物中的性别相关基因(一)》

雄兔脚扑朔,雌兔眼迷离,双兔傍地走,安能辨我是雄雌?相比动物,植物表现出更为复杂的有性形态,开花植物可分为:1)雌雄同体植物——两性花,同时具有雄性和雌性器官;2)雌雄异株植物——单株植物开单性花;3)雌雄同株植物:植株可同时产生雌、雄交替的单性花;4)雌性两性同株植物——植株可产生雌花雌雄同体花;5)雄性两性同株植物——植株可产生雄花雌雄同体花;6)雌性两性异株植物——个体植株可以产生雌花雌雄同体花;7)雄性两性异株植物——个体植株可以产生雄花雌雄同体花(Li et al., 2023)。根据现有的文献报道,雌雄同体植物是最原始的有性形态,雌雄异体植株是最先进的有性形态,但自然界中植物的有性形态往往由性染色体、性相关基因、植物激素和环境等多种因素共同决定,因此有可能会在开花植物中观察到多种有性形态。

自然界中的植物往往会进化出最有利于生存的有性形态。但从经济学层面上来讲,我们可以通过不同的育种技术,人为选择培育经济价值最高的作物有性形态。例如,对于瓜果类作物雌株或雌花比例高可以提高产量;对于以收获茎叶为目的的作物如雄性芦笋的口感更佳可以优先种植;杨树柳树的雌性在成熟时会产生大量的柳絮,造成环境污染问题,因此可优先种植雄性。接下来小远将给大家介绍植物中几种较为典型的性相关基因,希望可以给大家的科研提供一定的帮助。

01
    单基因控制
CRC
葫芦科的大部分植物最终的有性形态均表现出雌雄同株或异株的单性花。在甜瓜(Cucumis melo)中,其花最开始是双性花,在发育的过程中通过抑制雄蕊或心皮原基(雌蕊在花器官发育初期的原始结构)的发育,最终产生单性花。从雌雄同体到单性花的发育途径与性别决定基因有关。

2022年11月,巴黎萨克雷大学Abdelhafid Bendahmane课题组在Science杂志上发表了一篇题为“The control of carpel determinacy pathway leads to sex determination in cucurbits”的研究论文。作者通过正向遗传学筛选发现了甜瓜中由雌花转变为雄花的突变体并将其命名为Little Boy(Lib),对应的基因为YABBY转录因子家族心皮识别基因CRABS CLAWCRC )(图1A-C)。病毒诱导的基因沉默(VIGS)实验证明,CRC 的沉默可以使雌花转变为雄花,结合筛选甜瓜和黄瓜的TILLING(基因组学中的靶向诱导局部病变 )基因组,发现CRC 纯合功能缺失突变体均表现出雌花到雄花的转变(图1D-H)。

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图1 Lib突变体的特征(Zhang et al., 2022)。(A)雌雄同株甜瓜(WT)和Lib雄性突变体的性表型。Ov:子房,Sg:柱头,S:雄蕊;(B)两性形态示意图。侧枝第一节(L1)雌花变成雄花;(C)Lib基因座的克隆。第10号染色体雌雄同株群体于雄株群体间的ΔSNP指数。最高的ΔSNP指数对应于CRC的E-to-K错义突变;(D)CmCRC与同源蛋白的比对。Cs:黄瓜,Cp:西葫芦,At:拟南芥,Vv:葡萄。图中显示了甜瓜(橙色)和黄瓜(绿色)的诱导突变;(E、G)甜瓜(E)和黄瓜(G)的雌雄同株植物(WT)、crc突变体和VIGS-CmCRC(Vi-CRC)的性表型;(F、H)甜瓜侧枝L1节(F)和黄瓜主茎1~20节(H)雌花比例。

随后作者分析了甜瓜和黄瓜中CRC 的表达量发现CRC 在雌花花蕾中高表达而在雄花花蕾中低表达,原位杂交技术检测CRC WIP1(葫芦科性别决定的关键调控因子,其高表达抑制心皮原基发育形成雄花)的空间表达模式发现,二者在心皮原基中表现出拮抗模式。通过一系列的蛋白-蛋白互作及组蛋白乙酰化检测实验证明WIP1通过招募共抑制因子TOPLESS(TPL)结合到CRC 的启动子上,通过组蛋白去乙酰化抑制CRC 的表达,从而使雌花变为雄花(图2)。

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图2 CRC介导雄花发育调控网络图(Zhang et al., 2022)。(A、B)CRC WIP1的qRT-PCR分析;(C-F)CRC 的原位表达。黑色箭头表示在雌花心皮原基中检测到的CRC 转录本;(G-J)WIP1的原位表达。黑色箭头表示在雄花心皮原基中检测到的CmWIP1CsWIP1转录本。雌花中未检测到转录本;(K)在单性花中,雄性和雌性促进基因分别为WIP1ACS7,均可在心皮原基中表达。WIP1通过招募TPL以抑制CRC 的表达,进而干扰心皮的决定性从而诱导雄花发育;而CRC 的表达可促进心皮的决定性,ACS7在心皮决定性后表达并诱导雌花发育。

OGI
2014年10月,加州大学戴维斯分校Luca Comai课题组在Science杂志上发表了一篇题为“Plant genetics. A Y-chromosome-encoded small RNA acts as a sex determinant in persimmons”的研究论文,作者以二倍体柿子为材料,通过全基因组测序和转录组测序,结合进化学分析定位到一个Y染色体特异性性别决定候选基因OGI,其具有发夹结构。比对得到了一个具有高度序列同源性的位于常染色体上的基因MeGI。随后作者在烟草中瞬时过表达OGI,发现过表达OGI会抑制MeGI 的表达,稳定过表达MeGI 的拟南芥和烟草均表现出花粉发育异常、雄性不育,但对雌蕊没有影响(图3)。OGI 的发夹结构表明MeGI 的抑制可能是RNA干扰引起的,为了验证这一假设,作者对小RNA进行了分析,结果显示雄性植株芽中OGI产生的特异性21bp小RNA产量较高,而在花中含量较低。同时,MeGI 特异性RNA仅在雄性植株的芽和花中积累。总之,MeGI 的高表达会导致雄性不育,而Y染色体上的OGI 编码的小RNA,通过RNA干扰抑制MeGI 的表达,恢复雄性花中雄蕊的育性(图4)。
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图3 过表达MeGI 拟南芥的表型(Akagi et al., 2014)。(A)萌发后62天的整株植株;(B-D)雄蕊和花瓣发育不全,35S-MeGI(C)和对照(D)的解剖花。Sg:柱头,DS:有缺陷的雄蕊,St:雄蕊,At:花药,Fl:花丝。
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图4 OGIMeGI 的功能分析(Akagi et al., 2014)。(A)对发育中的雄花芽和雌花芽进行小RNA测序,并将读段比对至OGI(上图)和MeGI(下图)序列。顶部展示了OGI 的基因模型和MeGI 的cDNA结构。针对OGI 的雄性样本读段(粉色为正向,蓝色为反向)及MeGI 的雄性和雌性样本读段,显示了覆盖度分布及比对方向。雌性样本中未检测到OGI 的比对读段;(B)OGI MeGI 的染色体图谱,以及它们在雌花(左)和雄花(右)发育中的相互作用和潜在功能模型。该模型忽略了雄性抑制雌性生殖的机制。另一种显性y型基因可能存在。另外,在单一性别决定模型下,OGI介导的MeGI 抑制可能会限制雌性生殖。
GT1
玉米是一种重要的经济作物,为典型的雌雄同株植物。正常情况下,雄穗在植物顶端形成,雌穗在位于雄穗以下几个节的叶腋发育。在受精过程中,花粉粒从雄蕊脱落后,通过传粉作用落到雌蕊柱头,随后萌发形成花粉管并伸入胚珠,这一过程提高了受精成功的概率。因此,正确性别分化是玉米高产稳产的前提。RA3(海藻糖-6-磷酸磷酸酶)与GT1相互作用,调控雄蕊的生长(Klein et al., 2022)。然而,GT1与其他经典性别决定基因和植物激素信号通路在玉米性别决定中的调控关系仍不清楚。
2025年3月,华南农业大学柳青课题组在Plant Physiology杂志上发表了一篇题为“GT1 and ZmHB13/VRL1 regulate flower sexual differentiation by modulating jasmonate biosynthesis and signaling in maize”的研究论文,作者对水稻、高粱、短茅和拟南芥中GT1及其同源基因的系统发育分析表明GT1Zmhb13、 Zmhb107 Zmhb142处于同一分支上,对前人的玉米雄穗和雌穗发育过程的转录组数据进行分析发现,GT1和其旁系同源基因ZmHB13/VRL1在雄穗和雌穗发育的心皮抑制期高表达。随后通过CRISPR/Cas9技术,获得了gt1单突突变体、Zmhb13单突变体、Zmhb107单突变体、Zmhb142单突变体、以及gt1 Zmhb13/gt1 Zmhb107/gt1 Zmhb142双突突变体,发现gt1单突变体与野生型植物相比形成了明显的雌性化雄穗,但在Zmhb13Zmhb107Zmhb142单突变体中未观察到雄穗雌性化。此外,gt1 Zmhb107gt1 Zmhb142双突变体表现出与gt1单突变体相似的雄穗雌化程度,而gt1 Zmhb13双突变体表现出比gt1单突变更严重的雌穗化表型(图5A、B)。gt1 Zmhb13 双突变体中96.8%的雌性小穗在小穗下部花中部分发育出功能性心皮,但在野生型植物和gt1单突变体中通常出现心皮败育,从而表现出错行粒表型(图5C-G)。这些结果表明GT1ZmHB13/VRL1共同作用来调节玉米的性别分化,且GT1发挥主要作用。
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图5 GT1及其旁系基因的各种敲除突变体的表型(Yuan et al., 2025)。(A)野生型突变体玉米穗子图像。黄色箭头表示雄穗花中的细长丝;(B)去除了外稃、外稃和小结节的穗状花发育图像。白色箭头表示的区域被放大,以显示各自花的雌蕊细节。红色箭头表示gt1 Zmhb13#1突变体的细长丝;(C)玉米表型;(D)去除了花萼、外稃和小叶的穗小花发育图像。白色箭头表示细长的丝。Ov:胚珠;(E)带穗丝的雄穗小穗数量,gt1 Zmhb13#1突变体中的所有雄穗小穗都雌化并带穗丝;(F)未退化下部花的穗粒百分比的统计分析;(G)RNA原位杂交表明ZmHB13/VRL1优先在WT植物的心皮和雄蕊原基中表达,NC阴性对照:ZmHB13/VRL1的正义探针显示阴性对照,箭头表示雄蕊花中的心皮原基。
02  多基因控制
RR&MSL
大多数的杨柳科植物都是雌雄异株植物,编码A型-细胞分裂素响应调控因子(type-A cytokinin response regulator,RR)的基因在杨柳科植物的性别决定区域普遍存在,表明RR可能是决定杨柳科植物性别的关键候选基因(Geraldes et al., 2015, Zhou et al., 2020)。
2020年11月,南京林业大学尹佟明课题组在Nature Communications发表了一篇题为“Evidences for a role of two Y-specific genes in sex determination in Populus deltoides”的研究论文,为了确定美洲黑杨(P. deltoides)性别分化原因,作者对一棵雌性杨树及其一个雄性后代的基因组进行了测序并从头组装,同时基于49棵雌性杨树和46棵雄性杨树的GWAS结果定位到了编码RR的基因,并将其命名为FERR。进一步分析发现,Y染色体上存在一个基因是FERR的重复倒置序列,将其命名为FERR-R;另一个基因可以产生长链非编码RNA(lncRNA),将其命名为MSL。LncRNA-seq、small RNA-seq、BS-seq及亚细胞定位结果表明FERR-R是一种雌性抑制因子,可产生抑制FERR功能的siRNA(图6)。在拟南芥中过表达FERR,发现转基因拟南芥的雄蕊发育正常,但常常表现出柱头膨大,在极端情况下会产生有两个雌蕊或类似心皮的萼片的花的表型,表明FERR基因是一种诱导杨树雌性化的RR(图7a)。而过表达MSL转基因拟南芥中雌蕊发育和结实不受影响,但影响雄蕊群,通常导致花有6个长雄蕊,或7个或偶尔8个雄蕊,雄蕊带有2个花药,或分枝雄蕊,表明MSL基因可能促进P. deltoides的雄性化(图7b)。
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图6 FERR-R的起源及其在抑制FERR中的作用(Xue et al., 2020)。(a)FERR-R的序列同源性分析。e1-e5代表FERR(黑色)或HEMA1(红色)的五个外显子。S1-S8表示文中描述的重复片段;(b)FERR-R 转录本和FERR-R 产生的siRNA的丰度,以及两性中FERR的甲基化差异。灰色阴影显示仅在雄性中甲基化的区域,红色垂直条表示该区域的甲基化水平;(c)杨树原生质体中的瞬时表达实验。siFERR是FERR-R产生的siRNA。FERR′是FERR的siRNA抗性变体。
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图7 野生型和转基因拟南芥植物的花蕊表型(Xue et al., 2020)。(a)第一行和第二行显示了在FERR过表达拟南芥中常见的柱头膨大和外露;第三行显示了在两个FERR过表达株系中观察到的极端花表型;(b)野生型(WT)花具有四个长雄蕊和两个短雄蕊(四强雄蕊),而MSL过表达拟南芥的花具有六个长雄蕊(Line2)、额外的雄蕊(Line 51/13)或重复的Y形雄蕊(Line7/17)。
SOFF&TDF1

2017年11月,江西省农业科学院蔬菜研究所陈光宇课题组在Nature communications杂志上发表了一篇题为“The asparagus genome sheds light on the origin and evolution of a young Y chromosome”的研究论文,作者对超雄芦笋(染色体组成为YY)进行全基因组测序,发现在Y染色体上存在一个1M左右的非重组雄性特异性的性别决定区域(Y-SDR)。分析该区域发现,存在一个DEFECT IN TAPETUM DEVELOPMENT AND FUNCTION 1TDF1)基因,在拟南芥中敲除TDF1会导致雄性不育,异源回补AspTDF1则可以弥补这一变化。随后对EMS诱变产生的可结实的突变体植株进行分析发现,其花均是雌雄同体的,基因组重测序表明局部突变仅限于包含DUF247 结构域的单个特异性基因,RNA-seq分析和包含Y 连接的DUF247 结构域的基因的靶向测序确定了该基因并将其命名为SUPPRESSOR OF FEMALE FUNCTIONSOFF 

随后2020年佐治亚大学Jim Leebens-Mackb课题组在此研究基础上通过EMS诱变敲除整个Y-SDR,导致芦笋从雄性转变为雌性,敲除SOFF会导致染色体组成为XY的雄性芦笋转变为雌雄同体(Harkess et al., 2020)。表明芦笋中的Y染色体通过两个Y连锁基因(SOFF TDF1)决定性别,其中SOFF抑制雌性雌蕊的发育,TDF1促进雄性花药的发育(图8)。

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图8 芦笋Y染色体的结构和性别决定功能及其相对于X染色体的结构变异(Harkess et al., 2020)。(A)Y染色体端粒区和近1MbSDR的描述;(B)XY野生型和EMS诱变敲除TDF1的植株表型;(C)编辑Y-SDR可以实现芦笋的性别转换。

SyGI&FrBY
猕猴桃是世界范围内的水果作物,经济价值较高,绝大部分的猕猴桃属的作物都是雌雄异体的,其雄性的性染色体组成为XY,雌性的性染色体组成为XX。2018年4月,日本京都大学Ryutaro Tao课题组在The Plant Cell杂志上发表了一篇题为“A Y-Encoded Suppressor of Feminization Arose via Lineage-Specific Duplication of a Cytokinin Response Regulator in Kiwifruit”的研究论文,作者通过全基因测序和转录组学分析鉴定到一个参与调控细胞分裂素的基因,并将其命名为Shy GrilSyGI)。构建由自身启动子驱动的SyGI 过表达载体(pSyGI-SyGI),分别转化至拟南芥和烟草中,均发现在柱头伸长阶段表现明显的心皮发育迟缓,野生型和pSyGI-SyGI 转基因株系的正、反交实验成功表明SyGI诱导雌性不育而不影响雄性育性(图9)。

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图9 SyGI 的功能验证(Akagi ey al., 2018)。(A-D)过表达SyGI 拟南芥花的表型特征。与对照植物(A、C)相比,转基因植株(B、D)表现出具有短花柱(St)和萎缩柱头(Sg)的未成熟心皮(RC)。An:花药,Se:萼片;(E)野生型拟南芥和pSyGI-SyGI 转基因植株之间的相互杂交,pSyGI-SyGI 转基因植物可以作为父本,作为母本则不育。Si:长角果,NL:不育豆科植物;(F-I)过表达SyGI 烟草花的表型特征;(J-L)野生型烟草和pSyGI-SyGI 转基因烟草成熟花柱头的比较;(M-O)野生型烟草(M)和pSyGI-SyGI 转基因烟草(N、O)授粉后的花粉管苯胺蓝染色;(Q-S)野生型烟草(Q)和pSyGI-SyGI 转基因烟草(R)的花粉形态和发芽率统计(S)。

紧随其后,该团队2019年8月在Nature plants杂志上发表了一篇题为“Two Y-chromosome-encoded genes determine sex in kiwifruit”的研究论文,作者揭示了猕猴桃的第二个性别决定基因Friendly Boy(FrBy),作者分别在拟南芥和烟草中编辑了FrBy的同源基因,均发现编辑突变体的花粉发芽率低、绒毡层降解延迟,而雌蕊发育正常,在与野生型的雄性植株杂交后可以成功产生种子。随后作者将pSyGI-SyGI 转基因烟草和FrBy突变体进行正、反杂交,及异源回补FrBy发现SyGIFrBy独立促进雌蕊和雄蕊的发育(图10)。

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图10 FrBy的功能验证(Akagi et al., 2019)。(a-c)在拟南芥中FrBy直系同源物AT1G30800的敲除突变体的表型(a),突变体发育中的花药没有出现绒毡层退化(b),而野生型拟南芥(Col-0)显示绒毡层细胞和成熟小孢子(MS)完全退化(c)。TP:绒毡层细胞,OL:外层,ML,中层;(d、e)突变体(d)和Col-0(e)相比,种子产量降低。SS:没有种子的不育角果,Si:角果;(f)突变体自花授粉和异花授粉后的角果发育,只有与Col-0对照植物进行异花授粉才能产生种子;(g)突变体与Col-0中的花粉发芽率;(h–j)在烟草中,FrBy直系同源物FAS1a/b的敲除突变体表型。An:花药,Sg:柱头,Pe:花瓣;(l、k)与野生型(l)相比,fas1突变体(k)的花粉萌发能力显著降低。Po:花粉粒,PT:花粉管;(m、n)突变体(m)的小孢子阶段,花药解剖后观察到厚的绒毡层,而野生型绒毡层细胞完全退化(n);(o)与突变体相比,SyGI 对花粉萌发率没有显著影响;(p)野生型、突变体和SyGI 表达系的正反杂交表明,FAS1SyGI 分别仅对雄性和雌性功能起作用;(q、r)异源回补FrBy基因(pFrBy-FrBy)可弥补突变体雄性功能缺失。

小远叨叨
不同于动物世界简单的雌雄之分,植物的有性形态表现为更为复杂的形式。植物的性别分化和遗传机制不仅与性染色体的类型、植物激素、环境有关,还与性别决定基因有关。在这篇文章中小远给大家介绍了不同植物中的关键性别决定基因,包扩单基因控制性别和多基因控制性别,通过了解不同的性别决定基因的遗传机制,指导育种层面的分子设计,调控植物群体的雌雄比例,培育筛选出优质种质。

References:
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图文来源:伯远生物公众号
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