通过深入分析微生物基因组，可以揭示根际微生物在促进植物生长和防御方面的作用。例如，根瘤菌科（Rhizobiales）的细菌在调节生长和防御平衡中起关键作用。

转录组学分析已经成为植物与微生物相互作用的动态视角，揭示了根际微生物如何同时刺激植物生长和增强抗病性。已有研究通过转录组学分析揭示了多粘类芽孢杆菌YC0136(烟草相关的ppgpb)促进植物生长和产量的机制，也有研究发现一些致病基因诱导了生长相关途径，但抑制了防御反应。这些例子都强调了转录组分析在研究中的作用，揭示了某些植物相关微生物在促进生长和抗病双重益处方面的潜力。

Meta分析和组学方法可作为预测工具，用于研究植物相关微生物生长-防御权衡的潜力，并为植物-微生物相互作用提供见解。这些研究结果都需要进行实验结果的进一步验证，揭示防御权衡的潜在机制。主要包括根相关微生物的植物激素动态和病原体抑制作用（比如通过影响植物激素水平和抑制病原体来增强植物生长和防御）、细胞壁相关酶的诱导(PGPR通过产生植物激素、侧向素和细胞壁相关酶等来增强植物生长和抵抗病原)以及通过干扰细菌的群体感应（QS）来增强植物的生长和防御。

长期以来，植物生长和增强抗病性一直是植物育种的重要目标，但它经常受到生长-防御权衡的限制，虽然微生物肥料的潜力巨大，但通过Meta分析和组学数据表明，植物相关微生物具有克服这种权衡的更为强大的潜力与优势。对各种真菌/细菌-植物相互作用的研究表明，某些微生物也可以赋予增强植物生长和抗病性的双重益处。目前人们一直期望提高个体生物防治剂的有效性，并且合成微生物群落在不同领域有了广泛应用，但正在进行的研究已经对形成植物-微生物相互作用的分子复杂性产生了有价值的见解。最近的研究也阐明了影响营养状况、植物激素水平、次生代谢物、光合作用和能量产生的分子机制，在形成微生物群落对植物生长和防御的最终影响中起着关键作用。未来的研究需要进一步考虑微生物与植物相互作用的分子机制，以及如何优化植物生长和防御。