随着测序成本的持续性降低和测序仪通量的增加,高通量测序已经成为基因组研究项目不可或缺的一部分。但对于单个样本的mRNA测序而言,其所需数据量通常远远低于测序仪单个测序反应所能产出数据量,因此通常会对多个样本单独进行文库构建,然后进行混合测序,这使得文库制备步骤成为许多 RNAseq 项目中最昂贵的部分。因此,降低文库制备成本成为重要的研究方向。目前也有多种策略提出来优化文库制备过程或减少人工操作步骤(引入自动化仪器)来降低成本,但通常需要昂贵的仪器设备或产出的数据会影响后续的进一步分析,如变异检测和新转录本的鉴定。
近日,来自德国杜塞尔多夫大学的Benjamin Stich课题组在Plant Biotechnol Journal上发表题为“Affordable, accurate and unbiased RNA sequencing by manual library miniaturization: A case study in barley”的文章,作者提出了一种易于重复的和仅需少量手动操作的全长 RNA 测序 (RNAseq) 文库制备工作流程,且不需要购置昂贵的实验室设备,显着降低了文库制备成本。作者并以大麦为研究对象提供了一系列广泛的质量控制分析结果,进一步评估改进方法对产出测序数据的影响。
通过对已成熟的商业化 RNAseq 文库制备方案进行最小程度的调整,作者能够将文库制备小型化高达8倍(即使用商业化文库制备方案中使用的所有试剂的13%)。与未进行小型化的相同文库制备方案相比,成本节省高达 54.5%,与黄金标准(使用RNeasy Plant Mini Kit(Qiagen, Germany)进行RNA提取和使用TruSeq RNA Library Prep Kit v2 (Illumina, USA)进行文库制备)相比,成本节省高达 86.1%。随后,作者也对所得测序数据及其应用场景进行严格的质量控制分析,未发现任何由文库小型化引起的偏差或不准确的现象。
因此,作者认为本研究中所制备的所有文库都是高质量的,并且可以广泛的应用到多种项目中。作者也认为,即使所需的测序reads的增加可能会引起的潜在效率下降也没有改变这样一个事实:即作者在本研究中提出的方法是一种简单的,可以降低 RNAseq 文库制备成本,且无需较长的时间投入和昂贵的实验室自动化设备需求。