RGI包含什么？
目前，RGI 1.0选择16个代表亚洲稻主要亚群的白金级基因组，以及14个整合Iso-Seq转录本的从头注释和4个已发表注释（图1），建立不同种质基因间同源关系。此外，基于各个种质多组织的Iso-Seq和RNA-Seq 数据，RGI提供基因表达、全长转录本和可变剪接事件信息。RGI共包含744,233个基因以及平均33,350个同源基因对，鉴定出119,783个非冗余同源基因簇，并利用连通图方法为之分配112,658个同源基因索引（Ortholog Gene Index，OGI），其中21,418个核心OGI、40,141个共享OGI和51,099个种质特异性OGI。
图1. RGI主要基础数据
图2. RGI基本模块与工具
图3. GeneCard页面示例
RGI用户可以访问网站手册（https://riceome.hzau.edu.cn/tutorial.html）或者关注Riceome公众号，查看网站中文教程。
于志超，男，华中农业大学博士研究生（2021-至今，张建伟教授课题组，https://zhang.hzau.edu.cn），主要从事植物泛基因组和转录组研究。以第一作者（含共同）在Molecular Plant发表水稻基因索引数据库、Nature Communications发表水稻泛基因组倒位变异图谱，以共同作者在Proceedings of the National Academy of Sciences、Plant Biotechnology Journal等杂志上发表多篇研究论文。Google学术链接：https://scholar.google.com/citations?user=B8LkAwsAAAA
陈永明，男，中国农业大学农学院小麦研究中心博士后。2022年毕业于中国农业大学获农学博士学位。主要进行作物进化基因组和基因表达调控研究，包括开发泛基因组水平的同源基因数据库、构建小麦整合基因调控网络、解析小麦籽粒发育的翻译调控机制。以第一作者（含共同）身份在Molecular Plant（3篇）、The Plant Cell杂志发表4篇论文，其中1篇被选为ESI高被引论文，3篇被选为Cover Article或Featured Article。
周勇，男，阿卜杜拉国王科技大学博士后（2019-至今，Dr. Rod A. Wing课题组）。博士毕业于四川农业大学小麦研究所（2013-2017，王际睿教授课题组），并在中国科学院上海生命科学院和上海师范大学进行博士后研究（2017-2019，巫永睿研究员和王文琴教授课题组）。主要从事水稻、玉米和小麦相关遗传和基因组学研究。以第一作者（含共同）在Nature Communications发表水稻泛基因组和倒位变异分析、在Molecular Plant发表水稻基因索引数据库、Proceedings of the National Academy of Sciences发表浮萍基因组测序、Plant Biotechnology Journal发表玉米转录组解析硬粉质机理和中国地方小麦品种资源群体进化研究、New Phytologist发表小麦休眠性调控机理、Scientific data上发表水稻群体水平的铂金基因组测序和Frontiers in plant science上发表水稻搞穗发芽关联分析等多篇研究论文。Google学术链接：https://scholar.google.com/citations?user=vBtrxQ0AAAAJ&hl=zh-CN
文章来源：植物生物技术Pbj
